مدیریت جامع حوزه آبخیز فرآیندی آگاهانه است که جنبه‌های مختلف حفاظت و بهره‌برداری از حوزه ­های آبخیز (بیوفیزیکی، اقتصادی-اجتماعی و سیاسی) را در یک سیستم مدیریت پایدار به منظور دستیابی به اهداف بهره‌برداران (امنیت غذایی، سودآوری، کاهش خطرپذیری) و با در نظر داشتن اهداف جامعه (کاهش فقر، رفاه نسل‌های آینده و حفاظت از محیط‌زیست) تلفیق می‌کند، لذا نشریه مدیریت جامع حوزه آبخیز تمام جنبه‌های پژوهشی مرتبط با دید کلی و سیستم نگر نسبت به حوزه ­های آبخیز و همچنین برنامه‌ریزی توسعه و مدیریت منابع آب و خاک با تأکید بر ویژگی‌های اقتصادی اجتماعی منطقه به منظور معیشت پایدار ساکنان یک حوضه و غیره را پوشش می‌دهد. مقالاتی که به زبان فارسی نوشته شده و تاکنون منتشر نشده باشد و تحقیقات مرتبط با جنبه‌های مختلف مدیریت جامع حوزه آبخیز را گزارش نموده و یا مروری یا تفسیری بر چنین تحقیقاتی باشند، پذیرفته می‌شوند. همچنین مقاله‌های کوتاه مرتبط با فنون آزمایشی، مدل‌ها و فناوری‌های نوین و مشاهده پدیده‌های منحصربه‌فرد نیز به عنوان مکاتبات کوتاه پذیرفته می‌شوند؛ بنابراین محورهای موضوعی این نشریه شامل موارد زیر می باشد:

مدیریت اکوسیستم‌های جنگلی، مرتعی، بیابانی و...

مدلسازی در اکوسیستم های طبیعی و حوزه های آبخیز

بلایای طبیعی (سیل، خشکسالی و حرکت‌های توده‌ای)

کاربرد فناوری های نوین در مدیریت حوزه های آبخیز

فرسایش خاک و تولید رسوب

ژئومورفولوژی و زمین‌شناسی

مسائل اقتصادی و اجتماعی حوزه­ های آبخیز

هیدرولوژی، هیدروژئولوژی و مدیریت منابع آب

ارزیابی تنوع زیستی در حوزه های آبخیز

آبخیزداری شهری

تغییر کاربری اراضی

مباحث تغییرات اقلیمی و اثرات آن بر حوزه های آبخیز

سامانه‌های اطلاعات جغرافیایی و سنجش از دور (GIS & RS)

سایر موضوعات مرتبط با مدیریت جامع حوزه‌های آبخیز